Mateja Bajt je studirala blokflautu na Visokoj Muzičkoj Akademiji (sadašnjem Muzičkom Univerzitetu) u Beču kod profesora Hans Maria Kneihs-a. 1994. godine je diplomirala na pedagoškom smeru, a 1997. je magistrirala na umetničkom smeru. Dobitnik je posebne nagrade Austrijskog Ministarstva za nauku. 1998. godine završila je i postdiplomske studije kamerne i savremene muzike.

Kao solista, umetnički voditelj i član nekoliko ansambala koncertira u Sloveniji i Evropi. Sarađuje sa poznatim slovenačkim i evropskim umjetnicima.

2003. godine izdala je svoj prvi CD „Portret Ljubavi“ sa muzikom francuskog baroka. Izradila je predavački plan i program učenja i studija blokflaute za Muzičku Gimnaziju i Akademiju. Kao docent za blokflautu i kamernu muziku predaje na Muzičkom Konservatoriju i Akademiji u Ljubljani.

Voditeljka je mnogobrojnih letnjih Festivala i letnjih Škola za blok flautu, za učenike i profesore, u Sloveniji.